Thời nhà Lý

Theo ngọc phả, chùa được xây dựng năm 1011 vào thời vua Lý Thái Tổ. Lúc đầu nhân dân trong vùng đã dựng chùa mang tên chùa Hào với quy mô ba gian chủ yếu bằng tranh tre lợp lá gồi, lá cọ để thờ Phật. Về sau, qua các triều đại, chùa được xây dựng lại và mở rộng thêm quy mô, thờ Phật, vua Trần Nhân Tông, thành hoàng làng và các vị sư trụ trì.[1]

Thời nhà Trần

Theo ngọc phả và các tài liệu liên quan, vào thời nhà Trần, ở trang Hạ Hào (thời Hậu Lê, trang Hạ Hào đổi thành làng Hào Xá, thuộc xã Hương Đại, tổng Bình Hà, huyện Thanh Hà, phủ Nam Sách; từ năm 1956, Hào Xá là một làng của xã Thanh Xá, huyện Thanh Hà) có vợ chồng ông Nguyễn Danh Doãn và bà Phạm Thị Phương sinh được hai người con trai đặt tên là Nguyễn Danh Nguyên và Nguyễn Danh Quang. Hai anh em Nguyên và Quang học rất giỏi, tinh thông võ nghệ. Lớn lên, hai anh em kết thân với Lý Đình Khuê là bạn học và người cùng làng. Khi đi thi, cả ba người đều đỗ cao và được vua phong làm học sĩ, chuyên chăm lo việc giáo huấn trong cung.[1]

Khi giặc Nguyên Mông đem quân sang xâm lược nước ta, ba ông theo vua Trần Nhân Tông và Hưng Đạo Đại Vương Trần Quốc Tuấn đi đánh giặc ở Phả Lại, Vạn Kiếp. Giặc tan, nhà vua hết lời ca ngợi, bia đá còn ghi lời vua nói: "Từ ngày nước nhà xảy ra chiến sự Tam Công ngày đêm miệt mài tu thân luyện chí tìm phương kế cứu nước, cứu dân".[1]

Đất nước thanh bình, vua Trần Nhân Tông nhường ngôi cho con rồi xuất gia, lên núi Yên Tử tu hành, lập thiền phái Trúc Lâm, lấy hiệu là Trúc Lâm Đại sĩ hoặc Hương Vân Đại đầu đà, Điều ngự Đầu đà. Ba ông cũng đầu Phật về trụ trì tại chùa Minh Khánh (nay thuộc thị trấn Thanh Hà, huyện Thanh Hà) và chùa Hào. Vừa tu hành, các ông vừa dạy dân trong vùng trồng dâu, nuôi tằm; tổ chức cho trai tráng trong làng luyện tập võ nghệ, đấu vật và thi bơi thuyền (ngày nay, tại Thanh Xá vẫn còn lưu lại những nhiều dấu tích công lao của các ông: dấu tích của khu đồng trồng dâu vẫn được nhân dân trong xã gọi là vườn dâu; hội thi bơi thuyền của xã...).[1]

Ngày 6 tháng 1 năm 1293, Điều Ngự Đầu Đà Trần Nhân Tông du ngoạn đầu xuân và truyền giảng kinh sách bằng đường thuỷ. Đến trang Hạ Hào, ba cư sĩ tổ chức cùng dân làng mở hội đua thuyền để tiếp đón vị đệ nhất tổ thiền phái Trúc Lâm. Thấy phong cảnh sông nước hữu tình, Thượng hoàng hạ lệnh cho dựng lại chùa, mở rộng quy mô và đổi lại tên là chùa Bạch Hào, làm hoành phi câu đối, lập bệ thờ bằng đá hình tòa sen để thờ Phật và giao cho 3 ông ở lại tu tại chùa.[1]

Ít năm sau, ba vị cư sĩ được Đức Điều Ngự triệu về Yên Tử tu luyện rồi lần lượt "hoá" tại đây. Ghi nhớ công lao giúp dân giúp nước của ba ông, vua nhà Trần đã ban vàng bạc cho dân làng Hạ Hào lập miếu thờ và sắc phong làm thành hoàng, khắc vào đại tự "Tướng Hào tỏa sáng". Nguyễn Danh Quang được sắc phong là Phả Lại cư sĩ, Nguyễn Danh Nguyên là Phả Hộ cư sĩ, Lý Đình Khuê là Phả Tế cư sĩ. [1]

Ba vị cư sĩ được thờ tại chùa, được tôn là ba vị sư tổ đầu tiên của chùa. Hàng năm, cứ vào ngày mồng 4 - 6 tháng Giêng âm lịch, dân làng Hòa mở lễ, hội (đua thuyền...) cho đến ngày nay.

Thời nhà Mạc

Vào những năm 1540, thời nhà Mạc, tăng phó Trần Như Thừa đã quyên góp tiền của công đức xây dựng lại chùa gồm 60 gian lớn nhỏ theo kiểu nội công ngoại quốc. Sau này do mai một bởi thời gian thiên nhiên, bão lũ cũng như các cuộc chiến tranh thời Lê, thời Mạc, thời Nguyễn chùa cũng được tu sửa nhưng kiến trúc cổ không còn được giữ lại bao nhiêu.[2]

Ngày nay

Hoà thượng Thích Gia Huệ trụ trì tại chùa từ năm 1954 cho đến khi viên tịch... 

Vào những năm cuối thập kỉ 90, đầu những năm 2000 các Tăng Ni, chư tôn Thiền đức trụ tại chùa, các tín đồ Phật tử và nhân dân đã tôn tạo chùa; tháp chuông và ngôi Tam bảo của chùa lần lượt được xây dựng khang trang. 

Trải qua thời gian, nhiều cuộc chiến tranh, đến nay các nét độc đáo, vật cổ giữ lại quá ít. Ngôi chùa hiện nay, bao gồm Tiền đường 5 gian, Hậu cung 2 gian, Nhà tổ 3 gian; tiền đường, được xây dựng theo kiểu chồng rường đấu sen; các vì kèo đều có chạm khắc hoa lá, trúc hoá long, kỳ 4 thuât chạm bong kênh.

Lễ hội chùa hằng năm được tổ chức từ ngày 4-6 tháng Giêng âm lịch. Trong hội lễ, có tổ chức bơi trải trên sông nước trước cửa chùa, hết sức đông vui và náo nhiệt. Di tích được xếp hạng di tích lịch sử quốc gia năm 1993.[2]